Sepro attraverso l'ente di certificazione csQa ha ottenuto i certificati ISO 9001:2015 n° 21456 e ISO 14001:2015 n° 28278 per le categorie 34 - 39 intermediazione e trasporto rifiuti. Per mezzo del certificatore TUV Sud invece ha conseguito nel 2023 il certificato ISO 45001.